南山博物馆是一所以地志性为主的大型综合类博物馆，系由南山区政府于2014年批准成立的一家国有博物馆。南山博物馆承担着南山历史、人文研究工作，负责南山区域出土文物的收藏和研究，同时也注重古代海上丝绸之路和广府区域历史遗存的收藏整理工作 。

　　南山博物馆占地面积约 19000 平方米，建筑面积约 36000 平方米，是深圳地区现有单体建筑面积最大的博物馆，也是国内区 ( 县 ) 级现有建筑面积最大的博物馆之一。南山博物馆西面为南山图书馆，北面为南山文体中心，二者与南山博物馆一起组成南山文化交流的重要场所。

　　2019 年，经区委区政府批准，南头古城博物馆、天后宫博物馆与南山博物馆合并组成新的南山博物馆。

　　南山博物馆常设展览为《南山故事》，分为“古代南山”、“近代南山”、“南山改革开放史”三个部分，全面展示南山从深港文化之根到改革开放先锋，并发展成为粤港澳大湾区重要节点的光辉历程。

　　2022年2月27日起，南山博物馆临时闭馆，暂停对外开放。

　　根据深圳市新型冠状病毒肺炎疫情防控指挥部最新通告，南山博物馆、南头古城博物馆、陈郁故居、天后博物馆、宋少帝陵在充分做好本馆疫情防控工作的前提下，于2022年4月7日（周四）起恢复有序开放。