黑龙江绰纳河国家级自然保护区与大兴安岭东缘，与小兴安岭温带针阔混交林相邻。北邻韩家园林业局兴隆林场，南东靠古龙干林场，西南与嘎拉河林场毗连，西邻原韩家园林业局绰纳河林场部分施业区。地理坐标为北纬51°44′24″～51°19′00″，东经125°41′03″～126°18′12″。

　　绰纳河自然保护区属低山丘陵地貌，以丘陵地貌为主，地形起伏不大，地势由西向东缓缓倾斜，坡度较小，以平缓坡为主。本区最高海拔为605米，最低海拔为238米，平均海拔为421米。

　　绰纳河自然保护区地质特点是在母岩中火成岩广泛分布，区内主要分布花岗岩，其次为玄武岩和安山岩，沉积岩和变质岩在局部地区零星分布。

　　绰纳河自然保护区地处寒温带，气候属寒温带大陆性季风气候，冬季受西伯利亚寒流的影响，异常寒冷，但受沿黑龙江而上的温暖气团影响，比大兴安岭北和西部地区温暖而湿润。

　　绰纳河流域历年平均降水量为478毫米左右。降水季节分配不均，多集中在7-8月份，其降水量约占全年降水量的一半。

　　保护区内主要河流有绰纳河，发源于伊勒呼里山北坡，由西向东注入呼玛河，境内流长约25千米。清水河是绰纳河主要支流，流长约18千米，由西北往东南流入绰纳河。空碾子河和东吾罗河是绰纳河的两条支流，空碾子河流长约13千米，东吾罗河，流长约16千米，均由西南往东北注入绰纳河。

　　绰纳河的另一条河流是古龙干河，主河在保护区流长48千米，大小支流十余条。这些支流受降雨量影响较大，在7-8月份降水量大的季节雨量集中，因而水流大；雨量疏缓水流小，甚至有的干涸，河槽明显，形成大面积的湿地景观。

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