据史书记载，永乐重建的洪恩灵济宫自金鳌山下沿山势建到山顶，计有三重门、六座宫殿，以及法堂、道房、钟鼓楼、御碑亭、牌坊、客舍等大小建筑两百余间，四周建有宫墙环绕，整座建筑金碧辉煌，仿佛帝王宫殿，故其大门楹联写道：“欲观北京皇帝殿，先看青铺灵济宫”。北平的灵济行宫则与此相仿，占地九百七十四亩，有八座大殿，三百五十间房屋，规模堪比皇宫。

　　现存的灵济宫为1988年重建，建筑面积约有2460平方米，由山门、御碑亭、庙堂等组成。

　　山门朝西，两层青砖砌筑，三段式歇山顶，上 书--“金鳌门”。

　　山门内为前院，院南侧保留有明代御碑亭，平面方形，面阔三间，边长8.89米，高9.80米，覆莲柱础，抬梁斗拱。上为重檐攒尖顶，顶面处密铺望板，角嵴置兽吻。亭中立有「御制洪恩灵济宫碑」，为石灰岩质，通高6.20米，宽2.06米，厚0.62米。碑额为半圆形，两边浮凋双螭图桉，篆额相传为解缙所书。碑下鼋趺座高1.90米，长4.00米，宽2.55米，高1.40米，作伸颈昂首状，龟体石料红白相间，光滑似镜，可惜上面已布满细坑，龟吻部分已没有了。据说是因为龟身上的石粉可治家畜之病，特别是治生猪的病。因此，附近乡民经常用刀来刮取石龟粉末给猪吃，以致于龟体受到损伤。

　　御碑亭对面为两座较小的新建堂宇，分别称刁元帅府和郑都总管府，分别供奉当年二徐南下的先锋大将军刁大元帅和郑都总管。当地百姓还认为郑总管是明代的三保太监郑和，说是在因护送“御碑”与龟蚨而到过闽侯灵济宫。

　　正对山门为庙堂，挂有“闽侯青圃灵济宫”牌额，为民国建筑。庙堂为三座勾连搭式大殿，呈前厅后殿式布局，厅殿连为一体，没有明确界限，主要陈设是戏台、0-式看台及神殿。前厅约占整个庙堂面积的三分之二，为日常村民演戏酬神和信众神诞聚餐之所。正殿立“御封洪恩上帝”碑额，正中供奉二徐真人身着明代帝王装的“金阙洪恩真君”和“玉阙洪恩真君”造像，左右为其二像的金身塑像。正殿左右有两偏殿，分别名为“永安宫”与“注生堂”，供奉二徐真人的父母与其两位夫人。左则与右则殿堂供奉着二徐真人的部下。

　　1989年3月，灵济宫列为闽侯县文物保护单位。1991年3月，灵济宫碑亭列为福建省文物保护单位。2006年6月，灵济宫碑亭列为全国重点文物保护单位。

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